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整備法　第95条
特例民法法人の業務の監督（設立の許可の取消し及び解散の命令に係るものを除き、定款の変更の認可、解散した特例民法法人の財産の処分の許可、解散及び清算人に係る届出並びに清算結了の届出に係るものを含む。）については、なお従前の例による。
　
第96条
前条の規定によりなお従前の例により特例民法法人の業務の監督を行う行政機関（以下この節において「旧主務官庁」という。）は、特例民法法人がその目的以外の事業をし、若しくは設立の許可若しくは旧民法施行法第十九条第二項の認可を受けた条件若しくは旧主務官庁の監督上の命令に違反し、その他公益を害すべき行為をした場合又は特例民法法人が移行期間の満了の日までに第百九条第一項の規定により第四十四条の認定を取り消された場合若しくは第百三十一条第一項の規定若しくは同条第二項において読み替えて準用する第百九条第一項の規定により第四十五条の認可を取り消された場合において、必要があると認めるときは、当該特例民法法人に対して、期限を定めて、必要な措置をとるべきことを命ずることができる。
２　旧主務官庁は、特例民法法人が前項の規定による命令に違反した場合又は当該命令をしてもその改善を期待することができないことが明らかな場合であって、他の方法により監督の目的を達することができないときは、当該特例民法法人の解散を命ずることができる。特例民法法人が正当な理由がないのに引き続き三年（施行日前の期間を含む。）以上その事業を休止したときも、同様とする。
３　前項の規定による命令を行おうとする場合において理事が欠けているとき又はその所在が知れないときは、旧主務官庁は、当該命令の通知に代えてその要旨を官報に掲載することができる。
４　前項の場合においては、当該命令は、官報に掲載した日から二十日を経過した日にその効力を生ずる。

認定法　第29条
行政庁は、公益法人が次のいずれかに該当するときは、その公益認定を取り消さなければならない。
一　第六条各号（第二号を除く。）のいずれかに該当するに至ったとき。
二　偽りその他不正の手段により公益認定、第十一条第一項の変更の認定又は第二十五条第一項の認可を受けたとき。
三　正当な理由がなく、前条第三項の規定による命令に従わないとき。
四　公益法人から公益認定の取消しの申請があったとき。
２　行政庁は、公益法人が次のいずれかに該当するときは、その公益認定を取り消すことができる。
一　第五条各号に掲げる基準のいずれかに適合しなくなったとき。
二　前節の規定を遵守していないとき。
三　前二号のほか、法令又は法令に基づく行政機関の処分に違反したとき。
３　前条第五項の規定は、前二項の規定による公益認定の取消しをしようとする場合について準用する。
４　行政庁は、第一項又は第二項の規定により公益認定を取り消したときは、内閣府令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
５　第一項又は第二項の規定による公益認定の取消しの処分を受けた公益法人は、その名称中の公益社団法人又は公益財団法人という文字をそれぞれ一般社団法人又は一般財団法人と変更する定款の変更をしたものとみなす。
６　行政庁は、第一項又は第二項の規定による公益認定の取消しをしたときは、遅滞なく、当該公益法人の主たる事務所及び従たる事務所の所在地を管轄する登記所に当該公益法人の名称の変更の登記を嘱託しなければならない。
７　前項の規定による名称の変更の登記の嘱託書には、当該登記の原因となる事由に係る処分を行ったことを証する書面を添付しなければならない。